Caracterización parcial de un aislamiento del maize rayado fino virus (MRFV) de Ecuador, comparación con otros aislamientos y análisis filogenético - Chicas Romero, Mauricio; Ramírez Fonseca, Pilar 1946- ([San José], Costa Rica, 2004)
e propone clonar y secuenciar parcialmente un aislamiento del MRFV de Ecuador. Además comparar la secuencia con la de otros aislamientos descritos en la literatura. Se hicieron extracciones de ARN de 16 plantas de maíz provenientes de la Estación Experimental de Santa Catalina en Quito, Ecuador. Se tomó este ARN y se hicieron transcripciones reversas con el fin de obtener ADN copia del virus. Se hicieron reacciones de PCR con los imprimadores MRFV-09 y MRFV-10 a partir del ADNc obtenido. Los fragmentos amplificados por PCR se clonaron y secuenciaron utilizando el vector pBiueScript y los iniciadores M13. A partir de las secuencias se determinó un consenso. Se comparó el consenso y una de las secuencias que poseía una inserción en la parte 3' terminal con las secuencias de aislamientos del MRFV de Estados Unidos, México, Guatemala, Costa Rica, Colombia, Perú, Venezuela, Bolivia y Brasil. Se hicieron árboles filogenéticos con los métodos de Maximum Likelihood, UPGMA, Mínima Evolución, Neighbor-Joining y Máxima. Se hicieron cálculos de la estructura secundaria del ARN de Ja región no codificante para cada una de las muestras, análisis de distancias entre los diferentes aislamientos del MRFV y análisis de la existencia de selección positiva para el segmento de la secuencia que codifica para la cápside del MRFV. Se observó que los aislamientos del MRFV se dividen en cuatro subgrupos, posiblemente a causa del asilamiento geográfico generado por las cadenas montañosas del continente americano. Se observó una estructura secundaria del ARN en la región 3' terminal del MRFV muy conservada. De acuerdo con los análisis de las secuencias y las distancias genéticas entre los diferentes aislamientos se cree que el MRFV tuvo su origen en México o Guatemala y de allí se dispersó al resto de América.
Tesis (magíster scientiae en biología con énfasis en genética y biología molecular)--Universidad de Costa Rica. Sistema de Estudios de Posgrado, 2004.
Keywords: MAIZ -- ENFERMEDADES Y PLAGAS; VIROSIS (PLANTAS); AISLAMIENTO GENETICO VEGETAL; FILOGENIA; BIOLOGIA MOLECULAR