Detección de begomovirus (Fam. Geminiviridae) utilizando PCR tiempo real (qPCR) - Ulate Solano, Mario Josué 1987-; Barboza Vargas, Natalia María 1982- ([San José, Costa Rica], 2017)
El género Begomovírus es el más diverso de la familia Gemínívírídae y se encuentra en los cinco continentes infectando plantas dicotiledóneas. Los problemas económicos asociados al género han ido en aumento, así como el número de especies virales encontradas. Se han desarrollado diversas técnicas moleculares para la detección de los mismos, unas se basan en detección de las proteínas virales (técnicas serológicas) mientras que otras utilizan los ácidos nucleicos (ADN genómico). La presente investigación desarrolló un protocolo de detección para begomovirus utilizando imprimadores degenerados y la técnica PCR Tiempo Real (qPCR). Su funcionalidad se comprobó utilizando muestras infectadas con diferentes especies de begomovirus denotadas como plantas positivas, y plantas no infectadas denotadas como negativas. Tanto las muestras positivas como negativas se diagnosticaron por hibridación tipo "Dot blot''. Todas las muestras encontradas positivas por Dot blot amplificaron por PCR tiempo real utilizando imprimadores degenerados para bemovirus. Dos de las tres muestras negativas reportadas por Dot blot fueron reportadas negativas con PCR tiempo real y la única discordancia se dio en una muestra la cual fue detectada negativa por Dot blot y positiva por PCR tiempo real. El qPCR permitió corroborar los resultados obtenidos en el ensayo por Dot blot, con la ventaja que fue capaz de detectar en un solo ensayo diferentes especies de begomovirus. La reacción de control interno utilizando el gen la subunidad 1 de la citocromo oxigenasa (gen Cox1) permitió corroborar la calidad del ADN y la capacidad de amplificar en un ensayo de PCR tiempo real. El ensayo begomovirus utilizando los imprimadores degenerados para qPCR desarrollados en este estudio mostró un alto desempeño y una alta reproducibilidad. A futuro, diferentes proyectos pueden utilizar esta técnica para diagnóstico inicial de begomovirus. También se podría estandarizar...
Proyecto de graduación (licenciatura en biología con énfasis en biología molecular y biotecnología)--Universidad de Costa Rica. Facultad de Ciencias. Escuela de Biología, 2017
Keywords: BEGOMOVIRUS; VIRUS FITOPATOGENOS -- ANALISIS; VIROSIS (PLANTAS) -- DIAGNOSTICO -- TECNICAS; REACCION EN CADENA DE LA POLIMERASA EN TIEMPO REAL