Optimización de una metodología para la detección de SARS-CoV-2 en aguas residuales en Costa Rica - Segura Villalta, Alexander Josué 2000- (2023)
A raíz de la pandemia, diferentes esfuerzos se han llevado a cabo para conocer el estatus de la infección a nivel nacional. Si bien, es posible llevar a cabo un seguimiento clínico del estado epidemiológico, el análisis del material genético viral en muestras de plantas de tratamiento se posiciona como una mejor alternativa al englobar pacientes sintomáticos y asintomáticos, y al brindar información del estado de la infección en tiempo real. El virus SARS-CoV-2, un betacoronavirus envuelto, codifica por la proteína "espícula" (S), la cual media el contacto directo con el receptor celular, la enzima convertidora de angiotensina 2 (ECA2). Ambas proteínas se encuentran en las células del tracto gastrointestinal, permitiendo la infección, replicación y la expulsión de partículas virales a través de las heces. Por esta misma excreción es que es posible detectar al SARS-CoV-2 en muestras de agua residual. Por ello, para esta detección se planteó inicialmente una metodología que combinaba el uso de PEG con MgCl2 con dos kits de extracción distintos: el PureLink™ Viral RNA/DNA Mini Kit y el Zymo Environ Water RNA kit. Además, con este último se aplicó un protocolo que solo empleaba únicamente PEG como método de concentración. Para evaluar el rendimiento, se utilizó como virus subrogado al BCoV, virus del mismo género; obteniéndose que el mejor método de recuperación fue la concentración con PEG junto a la extracción con el kit Zymo Environ Water RNA (6.06% ± 1.38%). Una vez esto fue dilucidado, se procedió a utilizar esta metodología para la cuantificación del SARS-CoV-2 por medio de RT-qPCR. Se obtuvo que únicamente fue posible cuantificar al virus SARS-CoV-2 en 16 de las 34 muestras procesadas durante el año 2022. Para muestras de afluente se obtuvo un promedio de log10 5.71 copias/L y para el efluente el número promedio de copias/L fue de log10 6.12...