Establecimiento de un protocolo de extracción de ADN total a partir de muestras de suelo utilizando perlas magnéticas y evaluar su idoneidad en cuatro órdenes de suelos, con el análisis metagenómico del gen 16S ARNr para la determinación de comunidades microbianas - Miranda Angulo, Marjorie 1961-; Araya Valverde, Emmanuel Mauricio 1979- (San José, Costa Rica, 2023)
Los suelos albergan todo un universo de microorganismos que conforman más del 90% de su biomasa; lamentablemente se ha dado un deterioro en la calidad de los mismos ya que su biodiversidad, su estructura microbiana y su fertilidad ha decaído. Este trabajo tiene como propósito establecer un protocolo de extracción de ADNt a partir de muestras de suelo utilizando perlas magnéticas, en los cuatro órdenes de suelo de mayor relevancia para los cultivos de nuestro país; así como, identificar las comunidades microbianas presentes en esos suelos a través del estudio metagenómico del gen 16S ARNr. La investigación, con modalidad práctica dirigida, se llevó a cabo en el CENIBiot (Centro Nacional de Innovaciones Biotecnológicas) que pertenece al CENAT (Centro Nacional de Alta Tecnología) ubicada en el edificio Franklin Chang. Dicho trabajo de investigación se realizó en tres etapas: 1) Se trabajaron tres protocolos de diferentes investigadores y se hizo selección del mejor protocolo con los parámetros de cantidad y calidad esperados en valores cercanos a 1.8 en su relación 260/280. 2) Se hizo la validación del protocolo seleccionado (protocolo del CENIBiot) con kit comercial, DNeasyPowerSoilPro-Kit en cuatro órdenes de suelo. Para ampliar el panorama de los resultados obtenidos se hizo validación con un protocolo más, el que utiliza columnas. El ADNt extraído a partir de estos tres protocolos se envió a la empresa Novogene para la secuenciación por NGS de la región V4 del gen 16S ARNr. 3) Se identificaron los microorganismos presentes en las muestras de suelo y se generó información de tres niveles taxonómicos: filo, familia y género. La información taxonómica reflejó 36.668 ASVs, de los cuales 478 pertenecen al dominio Archea y el resto son del dominio Bacteria. La diversidad microbiana a nivel de filo mostró 17 miembros de los cuales predominan en los tres protocolos y en los cuatro órdenes de suelo: Proteobacteria...
Práctica dirigida (licenciatura en biología con énfasis en biología molecular y biotecnología)--Universidad de Costa Rica. Facultad de Ciencias Básicas. Escuela de Biología, 2023
Keywords: ANALISIS DE SUELOS -- INNOVACIONES TECNOLOGICAS; COMPOSICION DE SUELOS -- EVALUACION; CALIDAD DE LOS SUELOS -- EVALUACION; MICROORGANISMOS DE SUELOS -- MEDICIONES; MARCADORES GENETICOS -- INVESTIGACIONES; ADN -- ANALISIS