Análisis de la utilidad de los marcadores moleculares 18S, ITS-1, ITS-2, cox1, 12S y 16S en las familias Ascarididae, Onchocercidae y Ancylostomatidae - Mejías Alpízar, María José 1999-; Rojas Araya, Ana Alicia 1987- (San José, [Costa Rica], 2023)
Los helmintos son parásitos que pueden producir severos efectos en la salud de humanos y animales, además de altas pérdidas económicas en animales de producción. Costa Rica no está exento de las helmintiasis, ya se ha encontrado entre un 20% y 40% de prevalencia en zonas vulnerables socioeconómicamente. Los métodos tradicionales de diagnóstico de estos parásitos se basan en características morfológicas y el hallazgo de estas formas parasitarias en exámenes microscópicos. Sin embargo, en la actualidad se han implementado métodos moleculares para la detección e identificación de estos organismos. A pesar del gran avance en el análisis de ADN de los parásitos, no existe un consenso sobre cuáles son los marcadores genéticos que permiten distinguir entre especies y cuáles poseen mayor representación en las bases de datos. Este trabajo analizó las relaciones filogenéticas de organismos de importancia médica y veterinaria de tres familias de nemátodos: Ascarididae, Onchocercidae y Ancylostomatidae, estudiando 30 especies de estas familias en total. Se utilizaron diferentes marcadores moleculares, de ADN nuclear como lo son el 18S y las regiones ITS-1 e ITS-2; y de ADN mitocondrial como el cox1, 12S y 16S. Se realizaron árboles filogenéticos para cada uno de los marcadores con su respectivo heatmap que computaba los resultados de identidad pareada mínima entre las especies de una misma familia. Se observó que los marcadores de origen mitocondrial cox1, 12S y 16S tenían una mejor resolución interespecie y robustez comparados con los marcadores de ADN nuclear. Por lo tanto, estos genes tienen potencial en aplicaciones como el barcoding. Además, se realizó una cuantificación de las secuencias disponibles en la base de datos del NCBI de las especies analizadas en este estudio para los diferentes marcadores moleculares utilizados, siendo el cox1 el marcador con mayor cantidad de secuencias depositadas.
Tesis (licenciatura en microbiología y química clínica)--Universidad de Costa Rica. Facultad de Microbiología, 2023
Keywords: MARCADORES BIOQUIMICOS; PARASITOLOGIA; ADN -- ANALISIS; HELMINTOS -- ANÁLISIS; GENÉTICA MOLECULAR; ADN MITOCONDRIAL; NEMATODOS -- FILOGENIA; HELMINTIASIS