Caracterización de los genomas virales no cultivados (UVIGs) a partir de genomas ensamblados a partir de metagenomas (MAGs) de los filos Chloroflexi, Cyanobacteria, Planctomycetes, Proteobacteria y Verrucomicrobia reconstituido a partir de ADN comunitario extraído a partir de tapetes microbianos de fuentes termales - Sánchez Soto, Greivin Alonso 1999-; Brenes Guillén, Laura 1991- ([San José], Costa Rica, 2024)
El siguiente estudio independiente de cultivo caracterizó la presencia de genomas virales no cultivables (UVIGs) a partir de genomas ensamblados a partir de metagenomas (MAGs) de los filos Chloroflexota, Cyanobacteriota, Planctomycetota, Pseudomonadota y Verrucomicrobiota, reconstituidos a partir de ADN comunitario de fuentes termales. Utilizando las herramientas Virsorter y Virsorter 2 en donde se identificaron 343 UVIGs utilizando Virsorter y 705 utilizando Virsorter2. Estas secuencias virales fueron filtradas utilizando como parámetro el tamaño de la secuencia y el número de genes virales de las cuales solamente 200 secuencias virales pasaron el filtro. Estas secuencias se sometieron a la base de datos IMG/M para una asignación taxonómica. 76 secuencias de las 200 obtuvieron una clasificación taxonómica de las cuales el 98,7% de ellas se clasificaron dentro del orden de los Caudoviricetes. Las secuencias se dereplicaron utilizando la herramienta VIRIDIC, la cual al mismo tiempo permitió establecer clusters de similitud entre las secuencias identificadas y se identificó una unidad taxonómica operacional viral (vOTU) dentro del filo de Pseudomonadota. Se realizo una anotación funcional en donde por medio de los genes de la cola se verificaron funcionalmente las secuencias catalogadas como high quality (alta calidad). Finalmente se analizó el comportamiento de las secuencias viral con respecto a las variables ambientales temperatura y pH, donde se observó que debido a la falta de datos y la presencia de los datos dentro de rangos tan estrechos no se puede establecer una relación directa con estas variables ambientales.
Presenta un error en la numeración, a partir de la hoja n° 44, se reinicia en la hoja n°34, pero no falta información
Tesis (licenciatura en microbiología y química clínica)--Universidad de Costa Rica. Facultad de Microbiología, 2024
Keywords: GENOMICA; METAGENONICA; DIVERSIDAD MICROBIANA; MANANTIALES DE AGUAS TERMALES; ANÁLISIS MICROBIOLÓGICO; CIANOBACTERIAS; BACTERIOLOGIA -- CLASIFICACION