Diversidad y posible participación en ciclo del nitrógeno, azufre y carbono de los filos Planctomycetota y Verrucomicrobiota provenientes de tapetes microbianos de fuentes termales de Costa Rica utilizando microbiomas y metagenómica - Salas Lara, Jose Vidal 1998- (2024)
La investigación en fuentes termales de Costa Rica se ha enfocado principalmente en los filos predominantes de los tapetes como Cyanobacteria y Chloroflexi. Estos ambientes son importantes de estudiar ya que gracias a su aislamiento existe nueva diversidad que espera ser descubierta. Dentro de estos se pueden encontrar filos poco abundantes como Planctomycetota y Verrucomicrobiota, que tienen roles activos en diversos ciclos biogeoquímicos y que se encuentran a lo largo del tapete, desde las zonas con mayor concentración de oxígeno y luz, hasta las regiones anaerobias. Si bien se han logrado aislar algunos microorganismos de fuentes termales, aún existe una escasa disponibilidad de información o cepas cultivadas de Planctomycetota y Verrucomicrobiota en estos ambientes. El objetivo de este proyecto fue conocer la diversidad genética, la abundancia, taxonomía y potencial funcional de los filos Planctomycetota y Verrucomicrobiota provenientes de tapetes microbianos de fuentes termales de Costa Rica y su posible rol en el ciclo del nitrógeno, azufre y carbono. Para esto se utilizaron microbiomas, metagenomas y los genomas ensamblados a partir de metagenomas (MAGs). Además, se llevaron a cabo pruebas para intentar estandarizar un protocolo de cultivo bajo condiciones de laboratorio. Dentro de los principales resultados destacan 1) que existen diferencias de los resultados taxonómicos entre los análisis de microbiomas y metagenomas, llegando en algunos casos a cambiar la familia dominante en las muestras; 2) según el análisis de microbiomas las familias Candidatus Pedosphaeraceae y Gemmataceae son las más abundantes; 3) al analizar los metagenomas se encontró que dependiendo del clasificador utilizado la precisión de clasificación taxonómica puede oscilar del 0.4% al 70% aproximadamente; 4) los análisis filogenómicos revelaron la presencia de nueva diversidad en Costa Rica obteniendo posibles nuevos representantes de los órdenes...