Optimización del protocolo de extracción de ADN en la araña Theridion evexum (Theridiidae) y diseño de imprimadores para microsatélites propios para la especie - Madrigal Brenes, Ruth 1985- (2024)
La destrucción de ambientes naturales debido al cambio de uso del suelo y la urbanización descontrolada amenaza a numerosas especies. A pesar de la severidad de este problema, existe un vacío de información en el estudio del efecto del aislamiento causado por la fragmentación y urbanismo sobre la diversidad genética de arañas, principalmente por la falta de marcadores moleculares específicos. El objetivo principal de este trabajo final de graduación fue diseñar microsatélites para la araña Theridion evexum utilizando secuenciación de nueva generación y protocolos bioinformáticos, utilizando un supercomputador y herramientas como Galaxy, pal_finder y la herramienta MiMi (Fox et al. 2019). Los microsatélites genómicos (SSR) son, por lo general, altamente polimórficos y óptimos para el estudio de diversidad genética y flujo génico. Otro objetivo fue desarrollar códigos de barras genéticos para identificar individuos en diferentes estadios o con dimorfismo sexual, lo que será de gran utilidad para investigaciones futuras que requieran marcadores moleculares de bajo costo. Los resultados obtenidos en la investigación incluyeron la optimización de la extracción de ADN, la creación de códigos de barras genéticos (www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank, números de accesión: PP067752, PP067753, PP067754, PP067755, PP067756, PP067757), la secuenciación de nueva generación con una baja cobertura de 4X y el análisis bioinformático para la identificación de microsatélites. Se obtuvo un total de 3999 posibles microsatélites. Después de filtrar por loci polimórficos con riqueza alélica mayor a tres y presencia de éstos en al menos el 62,5% de los individuos (N=5 de 8) analizados, se obtuvieron 34 marcadores. Una prueba in vivo de 13 de estos 34 marcadores demostró polimorfismo en 12 loci, con al menos tres alelos detectables. La optimización de estos marcadores permitirá mejorar la comprensión de los efectos de la fragmentación...