| Sumario: | La investigación se realizó en el Laboratorio Natural los Laureles, Hormiguero 2020, con el propósito de evaluar la autocompatibilidad y describir las características morfológicas que se asocian con la Autofecundación sexual de 20 tipos de Theobroma cacao. La investigación es descriptiva, observacional, transversal y prospectivo, se muestrearon 20 clones árboles superiores de (Theobroma cacao L.). Bajo con un sistema de polinización manual en cojines florales. De acuerdo a la forma de la mazorca se encontraron 15 tipos amelonados, tres tipos cundeamor y dos Angoleta. Las características asociadas a la auto compatibilidad se relacionan a los tipos genéticos, como la cantidad de cojines florales, en la investigación se muestrearon cinco metros lineales, en los Amelonados presentaron datos desde 185 cojines florales hasta 351, en Angoleta 130 a 250 y en Cundeamor 181 a 250. A medida que los cojines florales disminuyen presentaron menores porcentajes de compatibilidad, en los amelonados los porcentajes de prendimientos a los 4 días fueron de 60 a 83 %, cundeamor 73% y Angoleta 73 a 80 %. A los diez días después de la polinización. Se determinó que existe compatibilidad genética en todos los híbridos muestreados con porcentajes de 53 a 73 % en tipos amelonados, de 63 a 73% en tipos cundeamor y 60 a 66 % en tipos Angoleta. A los 30 días después de la polinización, se determinó que hubo una pequeña disminución en la compatibilidad genética en todos los híbridos muestreados con porcentajes de 53 a 70 % en tipos amelonados, de 57 a 63% en tipos cundeamor y 57 % en tipos Angoleta.
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