| Sumario: | Se ha visto una disminución en las poblaciones de picudos durante los últimos años en las costas de Costa Rica, como respuesta, el gobierno ha prohibido la pesca comercial y la exportación de la especie más afectada, el pez vela (Istiophorus platypterus). Aún tras dicha prohibición, se cree que la exportación ilegal del pez vela continúa tras la dificultad de identificar a la especie una vez fileteada y procesada, por lo que el control sobre estas ilegalidades se hace dificil con las metodologías convencionales. Surge entonces la necesidad de métodos más eficientes, exactos y que puedan ser utilizados en un juzgado como evidencia válida. Para poder solucionar este problema se tiene como objetivo en este estudio el reconocimiento y análisis de dos metodologías de identificación molecular para esta especie y especies afines de mayor abundancia e interés comercial. Se utilizó un PCR Multiplex de la región control mitocondrial (D-Loop) y un PCR RFLP para el gen mitocondrial de la subunidad 1 de la enzima citocromo e oxidasa (COI), donde se planteó como estándar oro la secuenciación del gen COI. Ambas metodologías resultaron ser idóneas con el 100% de muestras identificadas correctamente para l. platypterus, X gladius, M nigricans, Kajikia sp. y Thunnus sp., pero con marcadas diferencias en cuanto a costos y tiempo de procesamiento. Se seleccionó al PCR Multiplex como la metodología recomendada debido a su menor costo de tiempo y dinero. El estudio filogenético mostró una concordancia con la clasificación taxonómica aceptada actualmente y no se obtuvieron subgrupos. Tanto el PCR Multiplex como el PCR RFLP se validaron como herramienta de identificación para su posible uso en un juzgado en casos de exportación ilegal.
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