| Sumario: | Actualmente existe un incremento en la demanda del cacao (Theobroma cacao L.) fino y de aroma por parte del mercado internacional, y parámetros como el contenido nutricional y certificado de origen son requerimientos cada vez más indispensables. A fin de contribuir con el sector cacaotero nacional, el objetivo de esta investigación fue analizar el contenido proximal, bioquímico y el perfil molecular de árboles de cacao provenientes de Siuna, Rosita y Bonanza, seleccionados por el Instituto Nicaragüense de Tecnología Agropecuaria como material promisorio por sus características productivas y organolépticas. El análisis proximal y bioquímico se realizó a partir de los granos de cacao sin fermentar. Para la identificación del perfil genético se extrajo ADN de muestras foliares y se amplificaron utilizando marcadores moleculares microsátelites. Entre los principales parámetros analizados se determinó: extracto etéreo de 50,47 a 54,65%, proteína de 10,90 a 15,46%, carbohidratos de 23,74 a 29,80%, fibra dietaria de 40,84 a 53,80%, sacarosa de 0,02 a 1.93%, polifenoles libres de 90,64 a 484,13mg GAE/100g y actividad antioxidante de 54,20 a 98,08%. El perfil molecular de las muestras: CA0216EGL (Rosita), SA00416JAMR (Rosita), O0216SP (Siuna), ASO1016LDO (Siuna), SC0116VRG (Rosita), MU0416MCM (Bonanza) y MU0216MCM (Bonanza), presentaron características acriolladas. Los marcadores más polimórficos fueron: MTcCIR7, MTcCIR18 y MTcCIR15 (17 alelos), mientras que MTcCIR6 y MTcCIR22 fueron los menos polimórficos. El rango promedio de Ho fue 0,348 a 0,372 y el rango promedio de He fue 0,810 a 0,861, razón por la cual estas poblaciones son consideradas variables. Mediante el análisis comparativo de los principales parámetros demandados a nivel internacional se formaron cuatro conglomerados: dos que presentan características óptimas y dos grupos formados por individuos únicos y atípicos, cuya principal característica es el contenido de polifenoles
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