| Sumario: | En Nicaragua el cultivo de maíz es considerado uno de los cereales de mayor importancia, por su alto contenido de carbohidratos y demás elementos nutritivos, es por eso que se siembra extensivamente en todas las regiones del país para ser utilizado tanto para consumo humano como a nivel industrial. El propósito del presente estudio es contribuir al mejoramiento genético del cultivo de maíz, haciendo uso de 20 marcadores del tipo microsatélites para la caracterización molecular de 8 líneas endogámicas de maíz. El estudio se realizó en el Centro Nacional de Investigación Agropecuaria (CNIA) del Instituto Nicaragüense Tecnología agropecuario (INTA), perteneciente al Instituto Nicaragüense de Tecnología Agropecuaria (INTA), ubicado en el Valle San Cristóbal, km 14.1 Carretera norte, 2.5 km al sur, Managua en el año 2019. Los datos moleculares se analizaron empleando los programas estadísticos InfoGen y Gen AlEx 6.5. El rango de número de alelos por locus varió entre 2 a 6, resultando que los loci con mayor polimorfismo fueron el BNLG 197 con 6 alelos seguido de PHI 026, BNLG 1600, UMC 1845 y el BNLG 1272 con 5 alelos. Las mayores frecuencias alélicas se registraron en las líneas CML 269, CML 247 y CML 596 y la que presentó menor frecuencia alélica fue CML 573. El mayor valor de PIC se obtuvo en las líneas BNLG 197, PHI 026 y BNLG 1600 con 0,754, 0,746 y 0,746 respectivamente. Los menores valores PIC lo presentaron BNLG 609 y PHI 057 con 0,375 y 0,468, respectivamente. Las líneas que presentaron mayor distancia genética fueron CML 247 y CML 269 con valor de 0.83 y la menor distancia genética se registró entre las líneas CML 247 con la R1 con valor de 0.51. Las distancias genéticas de acuerdo al coeficiente de Jaccard conformaron un dendrograma de tres grupos partiendo de un valor fijo de 0.43. Palabras clave: Zea mays L., líneas puras, endogamia, marcadores microsatélites
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